Britský letoun Halifax dopravil v noci na 29. prosince 1941 do protektorátu parašutisty, příslušníky československé armády ve Velké Británii. Skupina Anthropoid (Jozef Gabčík, Jan Kubiš) měla uskutečnit atentát na zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha, úkolem skupiny Silver A (Alfréd Bartoš, Josef Valčík a radiotelegrafista Jiří Potůček) bylo navázat a udržovat spojení s Londýnem a pomáhat domácímu odboji. Velitel Silver A Alfréd Bartoš vytvořil proti pravidlům konspirace hlavní stan v Pardubicích, kde žil několik let se svou matkou.
Vysílačka Libuše, obsluhovaná J. Potůčkem, vysílá v lednu roku 1942 ze strojovny lomu Hluboká u Dachova, v těsném sousedství Ležáků, a to s pomocí správce lomu Jindřicha Vaško i jeho bratra Františka, který byl nájemcem Hluboké, jakož i strojníka Karla Svobody. Potůček vysílal z dvojitého stropu strojovny za extrémních podmínek. Libuše pak putovala na jiná místa, posléze se vrátila do lomu Hluboká, ale v dubnu se už nachází v ležáckém mlýně, kde je mlynářem Jindřich Švanda. Telegrafista Potůček se nastěhoval do prvního patra, do bytu mlynářova švagra Josefa Šťulíka. S Potůčkem již spolupracuje spolu se svými podřízenými vrchní strážmistr četnické stanice ve Vrbatově Kostelci Karel Kněz.
Parašutisté Jozef Gabčík a Jan Kubiš podnikají pravděpodobně ve spolupráci s Josefem Valčíkem 27. května 1942 atentát na R. Heydricha. Státní ministr K. H. Frank – nyní Hitlerem pověřený vedením protektorátu – vyhlásil výjimečný stav: nastává takzvaná druhá heydrichiáda, období nelítostné teroru. Heydrich podlehl zranění 4. června v pražské nemocnici na Bulovce. Pátrání po atentátnících vede mylně a vylhaně do Lidic, které nacisté 10. června vypálí. Lidické muže zastřelí, ženy odvlečou do koncentračního tábora a děti většinou putují do Lodže a posléze na smrt.
Vzhledem k udání, které učinil parašutista Karel Čurda, člen paraskupiny Out Distance, když se 16. června dobrovolně přihlásil pražskému gestapu, následuje vlna zatýkání, orientovaná na příslušníky odboje a na spolupracovníky „padákových agentů“, jak parašutisty nazývali nacisté. Ve středu 17. června přijel na kole do ležáckého mlýna Luděk Matura ze Svítkova, aby Jiřího Potůčka, Švandovy i Šťulíkovy varoval. Nad ránem následujícího dne vysílačka Libuše opouští v osobním automobilu a v doprovodu Potůčka a Jindřicha Vaško ležácké údolí. Telegrafista putuje na sever, směrem na Červený Kostelec. Gestapo ho horečně stíhalo. Potůčkova odysea skončila 2. července 1942, když ho v lesíku mezi Trnovou a Rosicemi nedaleko Pardubic český četník – ve spánku na zemi – zastřelil.
Sedm parašutistů se dočkalo 18. června – rovněž na základě Čurdova udání – hrdinné smrti, většinou vlastní rukou, v tehdejším pravoslavném kostele Karla Boromejského v pražské Resslově ulici, mezi nimi i Jozef Gabčík, Jan Kubiš a Josef Valčík. Nacisté tušili Valčíkovo spojení s vysílačkou Libuše, třebaže jim důkazy chyběly.
Po Čurdově udání jsou zatčeni manželé Krupkovi, spolupracovníci Alfréda Bartoše, příslušníci pardubického gestapa bedlivě kontrolují přihlášky k pobytu v Miřeticích, kam Ležáky katastrálně patřily, hledají v lomu Hluboká i v ležáckém mlýně. Gestapáci nebo na jejich příkaz čeští četníci zatýkají Františka Vaško s manželkou, Jindřicha Vaško, mlynáře Jindřicha Švandu, jeho ženu Františku, strojníka z Hluboké Karla Svobodu, Josefa Šťulíka, také jeho ženu Marii a její rodiče se synem, rodiče Josefa Šťulíka Václava a Růženu Šťulíkovy a další. Vrchní strážmistr Karel Kněz se zastřelil sám, rovněž jiní spolupracovníci parašutistů spáchali sebevraždu.
Osudový den padl na středu 24. června 1942. Ráno vyjela od pardubické služebny gestapa ozbrojená kolona aut. Starostové Louky a Miřetic museli vydat gestapákům policejní přihlášky obyvatel Ležáků, soupisy dobytka, parcelní protokoly. Kolem půl jedné byly Ležáky neprodyšně uzavřeny jednotkami SS (asi 500 mužů) a českým protektorátním četnictvem. Proběhla kontrola policejních přihlášek. Nacisté soustředili obyvatele, většinou dělníky z lomů, u silnice probíhající osadou. Chybějící děti přivezla ze školy, případně od příbuzných eskorta. Před pátou hodinou odpolední Němci odvezli do pardubického Zámečku 47 starců, mužů, žen a dětí. Načež v osadě rabovali. Poté jednotlivá stavení zapalovali. Domy hořely celou noc. Následující úpravy terénu zajišťovala jičínská stavební firma.
Ještě téhož večera nacisté zavraždili nedaleko Zámečku 34 obyvatel Ležáků, 18 žen a 16 mužů. Sedm osob z Ležáků a dalších více než čtyřicet spolupracovníků parašutistů zastřelili 25. června a 2. července 1942.
Všech 13 dětí odvezli ještě v noci z 24. na 25. června do Prahy, poté do internačního tábora v Lodži, případně do dětského domova v Puščikovku nedaleko Poznaně. Sestry Jarmilu a Marii Šťulíkovy uznali za vhodné k poněmčení a předali je pod cizími jmény do německých rodin. Po válce je přivezl do vlasti policejní inspektor Josef Ondráček. Jedenáct ležáckých dětí našlo smrt 25. července v plynovém voze v polském Chelmnu, spolu s nimi jedna dívka z Lidic, stejně jako již dříve 81 dětí z Lidic.
Příbuzní parašutistů a jejich spolupracovníci v počtu 254 osob byli hromadně popraveni 24. října 1942 v koncentračním táboře Mauthausen. Vraždění českých vlastenců v souvislosti s heydrichiádou probíhalo v Mauthausenu ještě v lednu 1943. Další muži a ženy buď z blízkosti Ležáků, nebo z pardubického regionu, zatčení jako spolupracovníci paravýsadku Silver A, se ocitli v koncentračních táborech Osvětim, Buchenwald, Ravensbrück a jenom někteří z nich přežili.
Lom Hluboká byl začátkem března 1943 prohlášen za propadlý říši a podhodnocený prodán pod dohledem šéfa pardubického gestapa Clagese jeho synovci K. H. Becherovi. Clages navštěvoval lom i v civilu a měl značný zájem na jeho prosperitě. Součástí Becherovy firmy se stává i někdejší podnik-žulové lomy Františka Vaško.
Od konce října do poloviny prosince 1943 srovnalo zbytky Ležáků definitivně se zemí asi pětašedesát káranců pracovních táborů. Při likvidačních pracích našel dělník Josef Bezvoda ve dvou konvích pod kamenem domu čp. 13, v němž bydleli staří a mladí Boháčovi a Čeněk Bureš s manželkou, zbraně a peníze. Obyvatelé je ukryli dobře – nacisté je nenašli ani při vyhlazení Ležáků 24. června 1942, ani později.